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如果更为细致地分析专利经营管理的目标，则可以大致分为保护性目标、经济性目标和战略性目标三个层面。
1．保护性的专利管理目标
从事专利经营管理，首先是期望达到保护性的专利管理目标，即通过专利经营管理保护自己的技术成果，并避免与他人发生侵权争议。简单地讲，就是保障自己利用，防止他人利用，避免侵权利用。
专利首先是一种借以排除他人侵权行为、保护自己合法权利的保护工具。企业取得和占有专利权，最基本的考虑就是为了获得法律对其技术成果的保护，这样不仅可以防止技术流失，收回研发投资，避免自己的技术成果变为公共的技术资源，而且可以保护技术领先的优势，保障产品的差异化，使得自己的产品通过专利保护而增加了竞争优势。
如果企业的产品没有申请足够的专利保护，而竞争对手却抢占了相关的专利，那么，企业随时都可能受到竞争对手的牵制。因此，申请专利可以防范他人抢占技术制高点，防止受到专利攻击。
从制药行业的专利保护，可以证明达成专利保护性目标的重要意义。在2004 年全球药品市场，辉瑞(Pfizer)公司的降血脂专利药物 Lipitor（立普妥）创下历史，销售收入高达109亿美元，占这个制药业巨人营业收入的21%，也成为史上第一个全年营业收入超过百亿美元的畅销药物。类似Lipitor这样的畅销药物，为大型药厂撑起了一片天，而对某些中型药厂而言，一种畅销药物甚至可以代表整个药厂的命脉。以美商Kos Pharmaceutical为例，其降血脂药物 Niaspan在2004 年为该公司带来 3.2亿美元的营业收入，相当于该公司营业收入的65%。
假如没有专利的保驾护航，这些制药巨人丧失独占其利的地位后，会发生怎样的状况呢？
英国最大的制药公司葛兰素( GLAXO)，在20世纪80 年代，特效胃药雷尼替丁(ZANTAL)每年为其带来十亿英镑的收入。1997 年 7月，当其在美国的专利到期后，不到半年时间，在全球的销售额急降33%。而Takepron药物在美国的专利到期后，不到半年时间，在全球的销售额急降50%。
这些后果的发生都是因为失去专利保护后，药品市场被仿制的药厂抢占了。因此，专利等知识产权是制药厂商的命脉。对于它们而言，不仅创新的技术重要，稳定的专利更重要。没有专利的保护，仿制药厂将会卷走滚滚财源。
通过经营专利，还可以使之作为竞争防御的筹码。在目前激烈的专利竞争态势下，形成了所谓的“专利灌木丛”(patent thicket)，即那些相互交叉重叠的专利权构成了一个稠密的网络，致使企业必须穿越这些专利障碍，才能利用新的技术。
企业之间竞相专利圈地所引发的一个后果，就是仅仅在一种产品上即可能布满了成百上千个专利权，这导致企业（特别是中小企业）在产品开发、销售等过程中，随时都可能遭遇“专利灌木丛”的阻挡，一不小心就会侵犯别人的专利权，甚至保持小心谨慎，也会不可避免地发生侵权。正如陶鑫良教授所言：“一举手就碰到知识产权的高压线，一抬足就踏进专利权的地雷阵。”毫无疑问，这增加了企业经营的不确定性和投资风险。
因此，如果企业长期经营专利，当遇到他人的专利攻击时，就可以拿出自己拥有的专利，与其协商谈判，进行交叉许可，以化解专利危机。所谓交叉许可(cross licenses)，简言之就是相互交换专利的使用权。
当然，有的企业需要收购，甚至是应急性收购他人的专利，来达到保护性的专利目标。1998 年以前，S3 公司是一家存在严重问题的芯片设计小公司，该公司知道，其开发的高质量图形处理芯片技术最终将成为Intel 公司恐惧或嫉妒的对象，而它被Intel 公司控告侵权也是迟早的事。于是，S3公司实施了解决该问题的一个办法。
在一次拍卖会上，S3公司采取隐姓埋名的方法，斥资1000万美金，先于Intel买下了濒临破产的芯片制造商指数技术（Exponential Technologies)公司的专利。通过这个方法，S3 公司获得了该公司的专利，从而领先于Intel公司的Merced芯片技术，极大地威胁着Intel公司的下一代处理器技术。S3公司的大胆行动果然有效。当Intel发现是S3公司购买了该件专利后，不得不勉强同意S3公司继续使用其许可证。作为交换，S3公司也承诺不挑战Intel的Merced芯片技术。
2．经济性的专利管理目标
经济性的专利管理目标，顾名思义，就是通过专利经营管理去获得实际的或潜在的经济收益。1997年，美国Amgen公司将神经免疫因子配体FKBP的专利权转让给Guilford公司，其交易额高达3.92亿美元。这个案例为企业从事专利经营提供了巨大的鼓励。
现代社会，透过专利转让和许可，是获取利润的重要途径。1990 年得州仪器(Texas Instruments Corp.)的财政年度报告显示，该公司的专利许可费收入超过了产品销售收入。考虑到得州仪器公司自认为是生产型企业而非研究型机构这一事实，这件事的意义非同小可。这表明通过专利收取许可费，也可以成为企业生存和发展的基础。
通过专利取得收益，并不只是大公司的特权。一些小公司也在获取专利许可费方面有不俗表现。例如，ScanSoft公司已经把自己的手机音响激活式拨号技术专利许可给700多家企业。为了震慑拒绝对该专利交费的其他企业，该公司于2004 年 2月、4月分别对Voice Signal技术公司、Advanced Recognition技术有限公司提起专利侵权诉讼，要求两被告支付赔偿金，并要求法院签发永久禁令。Forgent网络公司已经用存储数字图片和图像的压缩方法专利从亚洲、欧洲、美洲的30多家被许可人那里收取了9亿多美元的专利使用费。
对于新兴的公司而言，专利等知识产权可能还是其获得风险资本青睐的一个重要筹码。来自Pennsylvania大学的Ziedonis 教授介绍，专利是一些芯片（布图设计）公司的重要商业资源，但这些公司寻求强有力的、完整的专利保护，主要是出于两个原因：筹措风险 资本和优先占据垄断地位。
美国电脑硬件制造商也谈到，他们经常使用商业秘密而不是专利来保护其发明，因为很难发现竞争对手是否侵犯一件享有专利的有关制造工艺的发明。电脑硬件制造商通常宁愿让发明保持秘密状态，也不愿将其 申请专利，公之于众，以避免第三人盗用其专利，而自己却难以发现。不过，电脑硬件公司，特别是那些只从事硬件设计以及没有制造能力的公司，却把专利保护当作筹集风险资本的一种方式。
中欧工商管理学院的报告也表明，越来越多的创投公司对中国市场上“拥有知识产权资产”的公司很感兴趣。许多的银行和知识产权供应商都会帮助企业寻找机会，利用知识产权融资(证券化，Securitization)，这种方式可以直接提高企业现有知识产权的收益。
风险资本之所以青睐拥有知识产权的公司，是因为拥有知识产权，就意味着竞争优势，意味着垄断利润，意味着投资前景。所以，一些公司迎合风险资本家的口味，不管是否真正需要，都申请和占有大量的知识产权，以作为获得风险资本的工具。从这个角度来看，这些中小企业把专利当作提高自己形象的手段了。
在我国，包括专利在内的知识产权融资也逐渐开展。山东烟台龙源电力技术有限公司用“等离子点火装置”等 14件专利作为质押资产，从烟台市商业银行开发区支行拿到贷款1200万元，成为山东省首家利用专利质押获得贷款的企业。
北京市科委通过北京科技金融促进会等渠道与有关金融部门加强沟通，积极探讨新的融资模式，促成了交通银行北京分行在全国率先推出“知识产权质押贷款”金融产品。2006 年10月，交通银行北京分行与北京市经纬律师事务所、连城资产评估有限公司、北京资和信担保有限公司等共同推出知识产权质押贷款金融产品——“展业通”，截止到 2007 年 6月8日，在短短7个月时间内，贷款余额已经突破亿元人民币。
3．战略性的专利管理目标
战略性的专利管理目标，是通过专利经营管理获得长远经济利益、市场领导地位等战略利益，或者借用专利协助企业的战略发展和长远规划。一些大公司利用数量庞大的专利组合，让竞争对手，特别是中小企业，难以绕开其精心布置的专利地雷阵和专利包围圈，从而在特定市场上，压制、排斥甚至消灭这些竞争对手。
一个典型的例子是思科公司的“私有协议”。由于互联网发展迅速，国际标准和中国的国内标准一开始都未制定，思科公司作为最早的网络产品供应商，占据了80%以上的市场份额，其“私有协议”即成为事实上的标准。华为公司数据通信产品线总工程师李贺军和路由器产品线总监吴钦明说，虽然在1999 年时数据通信产品已经有了国际标准和国内标准，但思科公司已有的市场很大，要和思科产品兼容，就不得不使用思科公司的“私有协议”。
但是，出钱换取专利许可这条路在思科公司这里行不通。思科公思科正是依靠其“私有协议”，垄断产品的竞争，消灭了三代竞争对手，保证了高额利润的获取。可见，专利标准化策略，尤其是事实标准化策略，也可以成为跨国公司反对合理竞争、攫取垄断利润的商业工具。
在20世纪90 年代中期，摩托罗拉公司凭借其手中独占的几件技术，在GSM (Groupe Special Mobile)领域中获得了领导权。同时参与竞争的还有诺基亚、阿尔卡特和飞利浦，它们手中掌握着交换技术、语音编码技术、无线电传送技术和加密技术。然而，摩托罗拉却依靠“三叉式”知识产权战略在欧洲市场独占鳌头。
首先，1982 年首次GSM会议上，摩托罗拉就支持在欧洲建立移动电话通用标准，并且自从13家移动电话运营商一致接受GSM作为国际标准以来，它始终支持着这项标准。其次，在GSM标准建立前后，摩托罗拉加强对知识产权的管理并牢牢把握各种依赖GSM的关键技术的专利所有权。第三，1988 年摩托罗拉在与其他运营商关于电话采购的谈判中拒绝放弃独有的知识产权。拥有国际标准的部分技术的专利，采取精明而讲究实际的特许策略，进行富有远见的投资，摩托罗拉赢得了单个企业通常难以得到的技术优势。
由于标准拥有如此强大的力量，一些企业已经将专利战略提升为专利标准化战略，以期为公司的长远发展提供战略支持。所谓专利标准化战略，是一种将专利战略与技术标准紧密结合起来的战略模式，它将专利技术纳入到技术标准之中，并通过标准的制定与实施，获得有利的市场竞争地位，如向应用标准的企业发放专利许可证，或者垄断专利使用，排斥竞争。
株式会社崛场(Horiba)公司对于获得的专利，为尽力争取使其成为国家或世界标准，还向我国环保总局做工作，希望成为中国的标准。株式会社崛场(Horiba)公司认为，宁肯放弃独占权利，也要成为标准，因为从占领市场角度看，公司并不吃亏。
如何让自己的专利或专利组合成为技术标准呢？很多企业为此可谓煞费苦心。如果企业自己使用专利技术，形成技术标准则存在一定难度。如果没有将相关产品的市场份额提升到很有优势的地步，那么其专利技术也很难形成事实上的技术标准。这时通过发放专利许可证的方式，借助被许可人的产品销售，可扩大产品的市场占有量，进而为形成技术标准铺平道路。
日本录放机标准之争的案例可以印证技术许可对于公司营运的巨大影响。日本索尼公司选择自行使用方式运用其BATA 录放机技术，抢先上市，攻占市场；但松下公司则选择以授权他人使用之方式运用其VHS 录放机技术，使之形成标准技术，使得索尼公司BATA 录放机产品在苦撑数年后终告不支，造成索尼公司营运的严重危机。